Pupuk kandang dan pupuk berfungsi dengan cara yang sama yaitu menambah kesuburan tanah. Tapi mereka berbeda satu sama lain.
Pupuk kandang diperoleh atau dibuat dari sumber alami seperti limbah dapur, kascing, kotoran manusia, dan dengan menguraikan bahan-bahan yang dapat terurai secara hayati. Pupuk kandang ramah lingkungan dan diproduksi dengan biaya rendah. Biayanya ekonomis bagi petani.
Pupuk diproduksi secara sintetis dan kimia di pabrik dan industri. Pupuk membahayakan mikroba yang ada di tanah yang membantu dalam fiksasi nitrogen dan mikroba penting lainnya yang berguna untuk tanaman. Hal ini juga menurunkan kesuburan tanah jika berkepanjangan dan digunakan untuk jangka waktu yang lebih lama. Tidak ekonomis bagi petani.